Městské muzeum v Protivíně bylo slavnostně otevřeno v roce 1932. Bylo umístěno v prvním patře domu čp. 19, v budově bývalé obecní školy. V těchto a dalších prostorách se muzeum nachází i v současné době. V roce 1981 se správy ujímá tehdejší Okresní muzeum v Písku. Historické exponáty z Protivína byly začleněny do sbírkového fondu píseckého muzea. Řada z nich se však záhy do Protivína vrátila, v roce 1989 byla otevřena stálá historicko-etnografická expozice.
Mezi léty 2000 až 2008 se muzeum rozrostlo o specializovanou expozici Exotická příroda, kterou vybudoval a ze svých sbírek vytvořil známý jihočeský cestovatel a přírodovědec RNDr. Karel Pecl.
Historická část z roku 1989 byla pravděpodobně jednou z posledních muzejních instalací, která byla dokončena ještě před tzv. sametovou revolucí. Expozice, ještě plně poplatná končícímu režimu, vydržela až do roku 2011. Poté byla důkladně fotograficky zdokumentována a následně odstraněna za účelem tvorby expozic nových, otevřených v létě roku 2012. Ty patří k jedněm z nejmodernějších v jižních Čechách a určitě zaujmou jak dospělého, tak dětského návštěvníka Památníku města Protivína.
